2015年4月の調査データを基にしています。
詳細な調査データはこちら

Amazon Kindleストア
ごぞんじAmazonが運営しているストア。知名度もあり圧倒的シェアを得ている1位。
http://www.amazon.co.jp/Kindle-%E3%82%AD%E3%83%B3%E3%83%89%E3%83%AB-%E9%9B%BB%E5%AD%90%E6%9B%B8%E7%B1%8D/b/ref=nav__kbo?ie=UTF8&node=2275256051

電子書籍ストアなら楽天Kobo
ごぞんじ楽天が運営しているストア。一応、知名度があるので2位。
個人的にはKoboの初回ドタバタ劇などでイメージ悪いですが…。
http://books.rakuten.co.jp/e-book/?sclid=a_kobo_0003

iBooks Store‎
ごぞんじAppleが運営しているストア。
iPhone、iPadとの連動強しで人気の3位。itunesをダウンロードしてからどうぞ!
https://itunes.apple.com/jp/genre/myujikku/id34

電子書籍なら世界最大eBookJapan(私が愛用している所です)
株式会社イーブックイニシアティブジャパンが運営しているストア。企業としてあまり有名ではない(?)ですが古くからやっていてマンガが豊富。ITMediaの評価によれば競合よりも「明らかに」高画質らしい。手堅く4位。
http://www.ebookjapan.jp/ebj/index_beginner.asp

※せっかくなので詳細も・・eBookJapanは安全?評判・詳細情報から徹底検証
http://sumacomi1.net/ebookjapan_anzen.html

Yahoo!ブックストア
ごぞんじYahoo!が運営しているストア。5位。
http://bookstore.yahoo.co.jp/

電子書籍ストア – honto
株式会社トゥ・ディファクトが運営しているストア。大日本印刷、NTTドコモ、丸善CHIホールディングスの共同出資会社。6位。
http://honto.jp/ebook.html

電子書籍・電子コミックストア Reader Store
ソニーマーケティング株式会社が運営しているストア。hontoと同率6位。
http://ebookstore.sony.jp/

紀伊國屋BookWeb
株式会社紀伊國屋書店が運営しているストア。
電子書籍のページで購入しないと実際の本が配達されるので注意。8位。
https://www.kinokuniya.co.jp/

Renta!
株式会社パピレスが運営しているストア。パッと見、女性向け。
レンタルして良かったら購入とか特殊な販売方法。9位。
http://renta.papy.co.jp/?rbc=1

BOOK☆WALKER
株式会社ブックウォーカー(角川グループのデジタル戦略子会社)が運営しているストア。10位。
http://bookwalker.jp/

電子書店パピレス
株式会社パピレスが運営しているストア。パッと見、女性向け。
こちらはRenta!と違って販売メイン。11位。
http://www.papy.co.jp/

LINE マンガ
韓国のIT企業ネイバー株式会社の子会社、LINE株式会社が運営しているストア。12位。
https://manga.line.me/

BookLive!
株式会社BookLiveが運営しているストア。凸版印刷グループの電子書店です。13位。
http://booklive.jp/

これ以下は詳細な調査データからご確認ください。